Pachomius gründete die ersten Klöster, da er um die Gefahr der Verwahrlosung der Einsiedler wusste und begann damit im Jahr 320.

Ein solches Kloster muss man sich wie ein Dorf vorstellen. Es war von einer Mauer umgeben, welche das Eindringen unbefugter unterbinden sollte. Lebte ursprünglich jeder Mönch in seiner Hütte, gab es schon bald eine Anzahl von Gebäuden. Sehr schnell zählte das erste Kloster 1.400 Mönche. Diese hatten gemeinsame Schlafräume, in welchen es für jeden eine Matte gab. Auch gab es ein Bethaus, welches sich aber von unseren Vorstellungen einer Kirche unterschied. Hier trugen einzelne Mönche Psalmen vor, während die anderen weiter einer Handarbeit nachkamen. Werkstätten, Lagerhäuser, Werkstätten... rundeten den Komplex ab.

Die Klöster waren nach militärischer Art organisiert. So bildeten drei Mönche eine Zelle und zwölf Zellen ein Haus, welches einem Prior oder "Hausmeister" unterstand. Vier Häuser bildeten dann einen aus 144 Mönchen bestehenden Stamm, von denen zehn das Kloster bildeten, welches von einem Hegemon als Leiter geführt wurde.

Am Morgen und am Abend trafen sich die Mönche zum gemeinsamen Gebet im Bethaus. Hier wurden, wie beschrieben, die Psalmen gebetet. An jedem Mittwoch und Freitag hielt der Hegemon zudem eine Katechese. In Gruppen eingeteilt, verrichteten die Mönche dann ihre Arbeit auf dem Feld, beim Flechten von Korbwaren oder andere Tätigkeiten. Die Frage war hier nicht das Können oder das Wollen. Die Arbeit wurde einfach zugeteilt und man hatte beim Erschallen des Hornes anzutreten und gemeinsam zur Arbeit zu schreiten. Der Warenverkauf wurde durch den Hegemon gesteuert und von verschiedenen Brüdern, welche von diesem beauftragt wurden, vorgenommen. Für die Handwerker der Umgebung keine Freude, da die Klöster schnell ein Preismonopol erwarben und durch ihre Arbeitsgemeinschaft wie ein Massenhersteller wirkten. Als Wirtschaftsfaktor also nicht zu unterschätzen.

Die Klöster des Pachomius waren eine erste allgemeine Bildungseinrichtung, mussten doch alle Mönche lesen und schreiben können. Hierzu erteilten die verschiedenen Leiter drei Mal in der Woche Unterricht. Zudem wurde auf eine gewisse Hygiene geachtet und nicht nur die Kleidung wurde einmal in der Woche gewaschen, sondern auch jeder Mönch hatte sich einmal in der Woche einer Reinigung zu unterziehen. Neben einer allgemeinen Essensversorgung, gab es zudem eine "Krankenstation", in welcher die entsprechenden Brüder eine Pflege erhielten.

Der Hegemon war ein von allen Brüdern gewählter Abt, welcher das Kloster leitete. Diesem waren alle zum Gehorsam verpflichtet und er hatte in allem das letzte Wort. Er entschied über die Aufnahme und das Verbleiben von Brüdern. Denn da es keine Gelübde gab, so konnte auch jeder zu jeder Zeit wieder entlassen werden. Die geistliche und wirtschaftliche Leitung lag in seinen Händen.

Ursprünglich stets ein „Laienbruder“, wurden aus diesen später faktische Bischöfe. Konnte und kann doch in den Ostkirchen nur ein Mönch zum Bischof werden. Dies hat sich in Irland in abgewandelter Form lange Zeit ebenso gehalten, wobei sich die Äbte einen Bischof hielten. Sie hatten hier zwar die geistliche Leitung inne, nicht jedoch die Weihegewalt. Im übrigen Europa entwickelten sich auf dieser Grundlage zahlreiche Territorialabteien, welche erst im ausgehenden 20. und frühen 21. Jahrhundert endgültig verschwanden.

Die Klosterform des Pachomius gelangte auch nach Europa, wo uns der heilige Augustinus bereits für das Jahr 387 eines in der Stadt Rom belegt.